La verdad es que no me termina de convencer el hecho de utilizar BizTalk para acceso directo a base de datos usando su adaptador de SQL. No me gusta porque crea un acoplamiento muy fuerte.
En un proyecto que estuve se decidió utilizar este adaptador pero cada modificación de los procedimientos almacenados implicaba tener que modificar los esquemas en BizTalk. Personalmente siempre aconsejo dejar claramente definidos los contratos y si se necesita acceder a base de datos hacerlo a través de un componente .Net de manera transaccional, es mucho más fácil de probar de manera unitaria. Hay que tener en cuenta que los procesos BizTalk suelen ser complejos, a veces pueden durar mucho tiempo y se puede producir un error en cualquier punto, cuando realizamos acceso a las bases de datos de negocio es importante tener cuidado para no generar inconsistencias y la mejor forma es hacerlo a través de componentes .net transaccionales, utilizar el tratamiento de excepciones, los bloques de compensación y subcribirte a los mensajes de error.
En cualquier caso os paso un post sobre el nuevo adaptador SQL WCF muy mejorado con respecto al anterior adaptador SQL:
http://www.packtpub.com/article/soa-capabilities-in-bizTalk-wcf
Saludos.