Hay un bug en el nuevo control ToolStripContainer que lo hace inservible hasta que sea corregido.
El problema se manifiesta si tenemos un GroupBox en el ContentPanel y tiene la propiedad Anchor por ejemplo a Letf, Top y Right. Al abrir y cerrar el diseñador o al ejecutar la aplicación, el tamaño y posición del GroupBox toma valores extremos.
Parece que alguien ya ha informado del error en MSDN Product Feedback.